卷柏属植物中 RNA 编辑的空前变异1[开放]__

卷柏属植物中 RNA 编辑的空前变异1[开放]

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卷柏属植物中 RNA 编辑的空前变异1[开放]

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亲爱的编辑，有记录的最极端的叶绿体 RNA 编辑例子之一来自无籽维管植物卷柏（石松门），其中发现了惊人的 3494 个胞嘧啶到尿嘧啶的编辑事件（Oldenkott 等人，2014 年）。转录后叶绿体编辑在其他卷柏属物种中是否同样普遍？在这里，我研究了 Selaginella kraussiana 和 Selaginella lepidophylla 的整个质体基因组 RNA 编辑谱，并报告了编辑位点的数量和位置在卷柏质体基因组中可能存在极大差异，其程度目前在任何其他光合作用属中都是无与伦比的。通过将 S. kraussiana（GenBank 登录号 SRR2045379 – 82）和 S. lepidophylla（SRR6345606 – 15）的公开 Illumina RNA 测序 (RNA-seq) 读段映射到这两种石松的各自叶绿体基因组序列上，确定了 RNA 编辑位点（补充材料和方法；Mower 等人，2019 年）。对于每个物种，RNA 和质体基因组测序数据来自同一栽培品种（和实验室；Ge 等人，2016 年；VanBuren 等人，2018 年），大大降低了将样本之间的多态性误认为编辑事件的可能性。RNA-seq 读段的映射几乎完全覆盖（98%）参考叶绿体基因组，包括所有基因。质体基因组的平均覆盖率超过 500 3 ，为识别编辑位点提供了可靠的比对，这些位点仅在覆盖率 5 3 和读取支持率 25% 的区域中被表征（补充材料和方法）；因此，请记住，本研究未记录编辑效率低（，25%）的位点。在 S. kraussiana 和 S. lepidophylla 叶绿体转录组中分别鉴定出 1353 个和 720 个 C 到 U 的变化（表 1；补充材料和方法）

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